En la definición de los principales problemas ambientales del país en el actual ciclo estratégico, se han considerado aquellos de mayor impacto a escala nacional y los que no han alcanzado las metas proyectadas o su avance, ha sido discreto. Por consiguiente, se han tenido en cuenta los siguientes criterios:

1. Afectación de áreas significativas, por su dimensión y/o valores, del territorio nacional.
2. Duración e intensidad del impacto producido en las áreas densamente pobladas.
3. Afectaciones a la salud y la calidad de vida de la población.
4. Impactos en la seguridad alimentaria.
5. Efecto sobre los ecosistemas y los recursos biológicos.
6. Los recursos y procesos sobre los que se producen con mayor fuerza los impactos del cambio climático.
7. Percepción ciudadana (surgimiento de quejas, planteamientos, entre otros)

Los principales problemas ambientales identificados muestran una compleja y dinámica interrelación, que afectan los recursos naturales en su vínculo con el desarrollo socioeconómico. Por ello, su ordenamiento no supone jerarquización alguna:

• Degradación de los suelos.
• Afectaciones a la cobertura forestal.
• Contaminación.
• Pérdida de la diversidad biológica y deterioro de los bienes y servicios ecosistémicos.
• Carencia y dificultades con el manejo, la disponibilidad y calidad del agua.
• Efectos negativos del cambio climático.
• Deterioro de las condiciones higiénica sanitaria en los asentamientos humanos.