El 15 de diciembre de 1792 el entonces rey de España Carlos IV concedió la autorización para establecer en La Habana la Sociedad. Sin embargo, esa orden no se materializó hasta que el el 9 de enero de 1793 se celebró la primera sesión oficial.
La sociedad fue creada para apoyar el crecimiento de la economía, la cultura, la educación y la sociedad.
Su surgimiento resultó de gran valor para la formación de la nacionalidad cubana. La integraron personalidades e intelectuales criollos como Don Francisco de Arango y Parreño, el padre Félix Varela, José de la Luz y Caballero y José Antonio Saco.
Desde sus inicios sus objetivos estuvieron dirigidos a fomentar el desarrollo económico y sociocultural de la Isla. Para lograr este fin, se fundan en algunas de las regiones económicamente importantes, las llamadas Diputaciones Patrióticas, consideradas dependencia o filiar de esta Sociedad Económica, las que desempeñaron un papel importante en cada una de las regiones donde fueron creadas.
En los inicios, la institución contó con las secciones permanentes de Educación, Estudios Económicos, Estudios Sociales y Literatura, Historia y Bellas Artes. Además de Ciencia, Agricultura, Industria Popular y Hermosura del Pueblo y Comercio.
A su vez promovieron la enseñanza de la botánica, importaron máquinas y utensilios desconocidos para labrar la tierra; aplicaron nuevos métodos para el cultivo de la caña de azúcar y lucharon a favor del establecimiento del ferrocarril, por la supresión de impuestos a las industrias nacientes y por el cese del estanco del tabaco.
Los integrantes de la Sociedad se interesaron, además, por empedrar las calles e iluminarlas y construir caminos. También realizaron la tarea de inspeccionar la enseñanza primaria y de dirigirla, fundar el Jardín Botánico en mayo de 1817 y la Academia de Pintura, Dibujo y Escultura San Alejandro, en enero de 1818; la Academia de Música y cátedras de química, matemáticas y economía política.
Distintos nombres recibió la institución con el paso del tiempo. Desde 1899 la llamaron Sociedad Económica de Amigos del País de La Habana, fecha a partir de la cual dejó de ser una corporación oficial para continuar su labor de forma privada, ante la especialización de otras asociaciones que absorvieron muchas de sus funciones.
En 1993, al cumplirse el aniversario 200, el Estado cubano decidió reactivarla con el carácter de Organización No Gubernamental, integrada por una comisión de destacadas personalidades. El 19 de julio de 1994, bajo la presidencia de la doctora Daisy Rivero Albisa empezó sus labores.
De igual manera, la sección de Educación de la SEAP, nacida en 1816, reanudó sus actividades de forma más amplia y con el nombre Sección de Educación y Cultura. En la actualidad centra su labor en apoyar los planes educacionales del país y a promover y desarrollar su política cultural.
Por otra parte, la sección de Economía, instituida desde los primeros años de la fundación de la SEAP, a partir de 1994 se organizó como Sección de Economía y Ciencias dado el amplio desarrollo que había alcanzado la comunidad científico-técnica en Cuba.
Hoy perduran los aportes realizados por esta sociedad, los cuales forman parte de la formación de nuestra nacionalidad y nación cubana.
De acuerdo con Zoila Benítez de Mendoza, “la historia de la SEAP recoge tanto la obra de valiosas personas que con su profundidad y proyección, desde diferentes corrientes ideológicas, influyeron y forjaron el ideario de la nación cubana, así como la de quienes contribuimos al quehacer de su tercera época institucional, desde el año 1994… Estudiar y conocer el pensamiento pasado y la influencia ideológica que ejerció en el contexto social vivido, no exento de complejas contradicciones, es determinante para la actuación del presente, al recoger lo más fecundo de la tradición histórica y proyectarse en cada momento con un sentido creador”.